Protección contra CONTRALORÍA GENERAL DE LA REPÚBLICA

C.A. de Temuco.

Temuco, veintiocho de agosto de dos mil veintiséis.

VISTOS:

Comparecen don nombre reservado y don nombre reservado, abogados en favor de la MUNICIPALIDAD DE COLLIPULLI, representada por su alcalde don Manuel Jesús Macaya Ramírez interponiendo recurso de protección en contra de la CONTRALORÍA GENERAL DE LA REPÚBLICA, por el acto que estima ilegal y arbitrario consistente en la dictación de la Resolución Exenta N° NUM000, notificada el 23 de marzo de 2026, mediante la cual se ordenó reincorporar a una exfuncionaria y pagarle sus remuneraciones atrasadas, lo cual vulneraría las garantías de los numerales 2, 3 y 24 del artículo 19 de la Constitución Política de la República.

Contextualiza su recurso indicando que mediante Consolidado de Información Circularizada (CIC) N° NUM001, de la Contraloría, de fecha 20 de mayo de 2025, se identificó a funcionarios que viajaron al extranjero mientras estaban con licencia médica. En el caso específico de Collipulli, hubieron 37 funcionarios, y en lo que atañe al presente recurso, se denunció a la entonces Directora de Control Interno, nombre reservado, por haber viajado a Brasil entre el 30 de noviembre y el 5 de diciembre de 2023, coincidiendo con una licencia de reposo total. Tras confirmar los datos con la PDI, el municipio instruyó un sumario administrativo.

Aunque el municipio solicitó formalmente a la Contraloría asumir la causa, la falta de respuesta durante semanas llevó a la alcaldía a continuar el proceso, concluyendo el 15 de septiembre de 2025, con la sanción de destitución por falta grave a la probidad administrativa mediante Decreto Alcaldicio N° NUM002.

Añade que, al día siguiente de dictarse el decreto que ordenaba la destitución de la funcionaria, la Contraloría notificó que iniciaría un sumario propio y que pretendía acumular el proceso municipal. Pese a los recursos de reconsideración, aclaraciones presentadas por la municipalidad y la resolución de recursos interpuestos por la propia exfuncionaria, la Contraloría emitió la Resolución Exenta N° NUM000, ordenando al municipio dejar sin efecto la destitución, reincorporar a la exfuncionaria y pagarle todos sus estipendios y cotizaciones desde noviembre de 2025.

La Municipalidad de Collipulli recurrente argumenta que el acto de la Contraloría es ilegal y arbitrario por los siguientes fundamentos:

En primer lugar, sostiene que la Contraloría incurre en una invalidación encubierta de actos administrativos, excediendo sus facultades legales, ya que la jurisprudencia de la Corte Suprema establece que el órgano contralor solo puede instruir el inicio de un procedimiento de invalidación conforme lo regula el artículo 53 de la Ley 19.880, pero no ordenar directamente dejar sin efecto un acto ni predeterminar su resultado.

En segundo lugar, acusa una desidia y dilación administrativa por parte de la Contraloría, que tardó meses en responder las solicitudes de aclaración y peticiones del municipio, vulnerando los principios de certeza jurídica, celeridad y conclusividad. Pretender anular un sumario ya terminado por un formalismo de "acumulación extemporánea", con lo que beneficia la negligencia del propio órgano de control y fomenta la impunidad frente a una falta grave a la probidad.

Denuncia como vulneradas las siguientes garantías constitucionales: 1. Igualdad ante la ley (artículo Art. 19 N° 2) por cuanto se habría otorgado un trato privilegiado a una exfuncionaria que habría cometido un fraude al sistema de licencias médicas, dejándola inmune a sanciones por dilaciones administrativas que imputa a la recurrida. 2. Debido proceso y prohibición de comisiones especiales (Art. 19 N° 3), por cuanto se habría vulnerado el derecho a un procedimiento racional y justo al reabrir un caso donde la funcionaria habría ejercido plenamente su defensa, actuando la Contraloría ex post como un tribunal ad hoc fuera de norma. 3. Derecho de propiedad (Art. 19 N° 24), por cuanto se afectaría el patrimonio municipal al obligarlo a pagar aproximadamente $15.000.000 por remuneraciones no trabajadas, lesionando la autonomía financiera de la municipalidad y limitando la facultad del alcalde para nombrar y remover personal.

Pide que se acoja su recurso de protección y en definitiva se ordene dejar sin efecto la Resolución Exenta N° NUM000, y declarar la plena validez y eficacia del Decreto Alcaldicio N° NUM002, que aplicó la sanción de destitución a la ya mencionada funcionaria.

Solicita asimismo que se ordene dejar sin efecto la orden de pago de remuneraciones y cotizaciones retroactivas y ordenar a la recurrida abstenerse de perturbar la potestad disciplinaria municipal, con condena en costas.

A folio 15 informa como tercera coadyuvante de la recurrida, doña nombre reservado, Directora de Control Interno de la Municipalidad de Collipulli.

En relación con los antecedentes generales del conflicto, indica que el municipio inició un sumario contra la abogada tras una denuncia pública realizada en concejo municipal por supuestos movimientos migratorios a Brasil usando licencias médicas en 2023.

Sin embargo, expone que no formaba parte de las nóminas de mal uso de licencias (CIC N° NUM001 de Contraloría), pues se encontraba con reposo por enfermedad profesional sin restricción de movilidad.

Agrega que el municipio violó la ley de protección de datos al ventilar públicamente su situación médica y que el sumario tramitado por el alcalde Manuel Macaya Ramírez contenía graves vicios, tales como desatender la orden de abstención dada por la Contraloría, ignorar el deber de abstención por litispendencia y contravenir la doctrina de los actos propios. Esto último se fundamenta en que el propio alcalde había solicitado formalmente a la Contraloría asumir el sumario para garantizar el debido proceso, pero de igual forma aplicó de forma express la medida expulsiva, la difundió en prensa y desoyó reiteradas instrucciones del órgano de control de abstenerse de continuar el procedimiento.

Respecto del entorno institucional, denuncia la existencia de un patrón sistemático de violencia de género y hostigamiento laboral contra mujeres directivas y funcionarias del municipio por parte del alcalde y su equipo de asesores varones. Fundamenta este punto citando diversas sentencias condenatorias firmes dictadas por la justicia laboral y declaraciones de enfermedades profesionales de la SUSESO que benefician a otras exdirectivas y funcionarias, además de mencionar un doble atentado incendiario que sufrió en su domicilio domicilio reservado.

En su caso particular, la justicia laboral le otorgó medidas de protección mediante trabajo telemático y la SUSESO declaró su patología psiquiátrica como enfermedad laboral en 2023. Añade que los hostigamientos han repercutido en su salud, derivando en el desarrollo de una cistitis intersticial crónica, y que la suspensión del pago de sus sueldos generó una deuda superior al millón de pesos con su Isapre.

Sobre el trasfondo de la disputa, se recalca la relevancia del cargo de Director de Control Interno y el rol de fiscalización que le confiere la ley, por lo que las acciones de la autoridad municipal responden a represalias por sus labores inspectoras, citando hallazgos relevantes como la detección de irregularidades en licitaciones de recolección de basura —que derivaron en querellas del Consejo de Defensa del Estado y la formalización de un funcionario de confianza del alcalde— y la advertencia de un déficit de caja municipal superior a los 5.200 millones de pesos al primer trimestre de 2025. Asimismo, recuerda la protección legal expresa otorgada por el legislador y los dictámenes de la Contraloría a los jefes de control interno frente a remociones indebidas por parte de los alcaldes.

Niega que exista arbitrariedad o ilegalidad en la actuación de la Contraloría, por cuanto el órgano fiscalizador no ordenó un proceso de "invalidation administrativa" que excediera sus atribuciones, sino que dejó sin efecto actos dictados por una autoridad que carecía de competencia por haber desobedecido la acumulación del procedimiento.

Finalmente, rebate las presuntas vulneraciones a las garantías constitucionales invocadas por la municipalidad (igualdad ante la ley, debido proceso y derecho de propiedad), concluyendo que los derechos estatutarios y salariales pertenecen a la funcionaria — quien conserva su calidad por no estar afinado el sumario— y solicita el rechazo definitivo del recurso de protección, con costas.

A folio 19 informa la recurrida Contraloría General de la República, pidiendo el rechazo del recurso, con costas.

En primer término, expone la tramitación del proceso administrativo señalando que la Municipalidad de Collipulli instruyó un sumario administrativo contra la funcionaria nombre reservado por un eventual mal uso de licencia médica.

Agrega que debido a que la funcionaria mantenía demandas por tutela laboral y acoso en contra del alcalde, la propia municipalidad (mediante Oficio N° NUM003 de julio de 2025) y la afectada solicitaron a la Contraloría asumiere el procedimiento disciplinario para garantizar la imparcialidad y el debido proceso.

En consecuencia, mediante la Resolución Exenta N° NUM004 del 15 de septiembre de 2025, la Contraloría ordenó instruir el sumario y acumular el expediente tramitado por el municipio, instruyéndole la remisión del expediente y la suspensión de sus actuaciones.

El municipio pidió reconsiderar dicha decisión argumentando supuesta dilación del órgano contralor y afirmando que el sumario ya estaba terminado. Dicha solicitud fue rechazada mediante la Resolución Exenta N° NUM005 del 13 de noviembre de 2025. A pesar de estar notificada de estas órdenes, la municipalidad aprobó el Decreto Alcaldicio N° NUM006 el 7 de noviembre de 2025, mediante el cual rechazó la reposición presentada por la funcionaria y le aplicó la sanción de destitución.

Posteriormente, la funcionaria denunció ante Contraloría que se le había dejado de pagar sus sueldos y cotizaciones. En respuesta, el órgano fiscalizador dictó la Resolución Exenta N° NUM000 del 23 de marzo de 2026, ordenando a la municipalidad dejar sin efecto la destitución y todos los actos posteriores a la orden de acumulación, reincorporar a la funcionaria y pagarle el total de los estipendios y cotizaciones adeudados desde el 7 de noviembre de 2025.

Frente a esta resolución, la Municipalidad de Collipulli recurrió de protección alegando ilegalidad, arbitrariedad y vulneración de sus garantías constitucionales de igualdad ante la ley, debido proceso y derecho de propiedad.

En cuanto a las defensas, alega en primer término la extemporaneidad del recurso, fundada en que el municipio intenta cuestionar realmente la orden de abstención y acumulación dictada en noviembre de 2025 (Resolución NUM005), de la cual fue notificado oportunamente, y dado que interpuso la acción cautelar recién el 28 de marzo de 2026, transcurrió ampliamente el plazo fatal de 30 días corridos establecido en el Auto Acordado de la Excma. Corte Suprema.

En segundo término, alega falta de legitimación activa, por cuanto las municipalidades son organismos fiscalizados sometidos al principio de juridicidad y a la jurisprudencia administrativa de la Contraloría, la cual resulta obligatoria y vinculante para ellas. Por tanto, un organismo público no puede valerse del recurso de protección para eludir las órdenes dictadas por su ente fiscalizador ni para invocar garantías constitucionales individuales.

En tercer termino, alega la improcedencia del recurso de protección por no ser la vía para conocer del asunto, por cuanto es una acción cautelar de urgencia que busca amparar derechos preexistentes e indubitados frente a actos arbitrarios; pero no constituye una instancia para interpretar normas legales especiales, discutir el alcance de las facultades contraloras ni resolver materias de lato conocimiento.

En cuanto al fondo, alega la ausencia de ilegalidad o arbitrariedad, por cuanto habría actuado estrictamente en uso de sus atribuciones constitucionales y legales de supervigilancia. Su decisión no responde al capricho, sino a un estudio técnico y motivado en derecho para restituir la legalidad quebrantada por el municipio.

El procedimiento tramitado por la municipalidad no estaba concluido cuando Contraloría ordenó la acumulación, ya que restaba resolver la fase recursiva de la funcionaria. El acto final de destitución ejecutado por el municipio se dictó de forma extemporánea, viciada y en contravención directa a las instrucciones del órgano de control.

Explica que en el acto impugnado se ordena el pago de remuneraciones, por haberse encontrado la funcionaria en imposibilidad de desempeñar sus labores, debido a una destitución ilegal impuesta por un acto de autoridad ajeno a su voluntad, configurándose el supuesto de fuerza mayor. Por ello, corresponde excepcionalmente la restitución de todos sus estipendios y cotizaciones previsionales.

Finalmente niega haber vulnerado las garantías de la recurrente, descartando haber otorgado un trato privilegiado a la funcionaria, actuado como comisión especial o lesionado el patrimonio fiscal, ya que solo aplicó la legalidad vigente de manera objetiva.

Se trajeron los autos en relación.

CONSIDERANDO:

PRIMERO: Que el recurso de protección fue incorporado a nuestra legislación como una acción de naturaleza cautelar en beneficio de quien, por causa de actos u omisiones arbitrarias o ilegales, sufriere privación o perturbación en el ejercicio de diversos derechos constitucionales. El ejercicio de esta acción protectora, exige, como presupuesto ineludible una acción u omisión que revista caracteres de ilegal o arbitrario, cuya consecuencia inmediata, origine una situación determinante de privación, amenaza o perturbación para alguno de los derechos constitucionales amparados y contenidos en el artículo 19 de la Constitución Política de la República.

SEGUNDO: Que en el caso de autos se alega por el recurrente en contra de los actos ilegales o arbitrarios cometidos por la Contraloría Regional de la Araucanía, que habrían afectado los derechos fundamentales consagrados en los artículos 19 Nº2, 3 inciso 5 y 24 de la Constitución Política de la República, fundado en la dictación de la Resolución Exenta NºNUM000, de fecha 23 de marzo de 2025, que ordena al Municipio recurrente reincorporar a la funcionaria y pagarle las remuneraciones devengadas desde su separación.

TERCERO: Que, la recurrida ha alegado la extemporaneidad del recurso, fundado en que la resolución que causa agravio a la recurrente es la Resolución Exenta N° NUM004 del 15 de septiembre de 2025, mediante la cual Contraloría ordenó instruir el sumario y acumular el expediente tramitado por el municipio, instruyéndole la remisión del expediente y la suspensión de sus actuaciones; lo cual resulta ser efectivo, pues la orden de reincorporación de la funcionaria es solo una consecuencia de la resolución aludida precedentemente, pues no debió continuar con la tramitación de un sumario respecto del cual el ente fiscalizador le ordenó abstenerse de continuar sustanciándolo.

En consecuencia, constando que el recurso materia de autos se ha interpuesto el 28 de marzo de 2026, lo ha sido en forma extemporánea, siendo procedente desde ya su rechazo por encontrase fuera del plazo establecido en el Auto Acordado sobre tramitación del recurso de protección.

CUARTO: Que sin perjuicio de lo anterior y; a mayor abundamiento, es dable señalar que en cuanto al mérito de las decisiones contenidas en la resolución, no corresponde a esta Corte pronunciarse sobre ellas, ya que el recurso de protección no constituye una instancia que permita modificar decisiones de otros órganos del Estado, si no en cuanto de manera ilegítima vulneren o atenten contra garantías fundamentales, lo que no ocurre en la especie.

En efecto, resulta evidente que ésta no es una materia que corresponda ser resuelta por medio de la presente acción cautelar, dado que no constituye una instancia de declaración de derechos, sino de protección de aquellos que, siendo preexistentes e indubitados, se encuentren afectados por alguna acción u omisión ilegal o arbitraria.

QUINTO: Que las circunstancias antes narradas conducen a concluir que en el presente caso no concurren los presupuestos que permiten que la acción constitucional de protección pueda prosperar, pues la recurrente no cuenta con un derecho indubitado comprometido, sino que muy por el contrario, se encuentra controvertida la competencia que tenía la Municipalidad para desestimar el recurso de reposición de la funcionaria, con fecha 7 noviembre de 2025, y confirmar el decreto alcaldicio de destitución; en circunstancias que el ente Contralor el día 15 de septiembre de 2025, le había instruido abstenerse de continuar tramitándolo y remitirle el expediente para su acumulación, lo cual no fue acatado por el municipio, circunstancias que no permiten que el presente recurso de protección pueda ser acogido.

Por estas consideraciones, lo dispuesto en el artículo 20 de la Constitución Política de la República y en el Auto Acordado de la Excelentísima Corte Suprema que rige la materia, se declara:

Que, SE RECHAZA el recurso de protección deducido en favor de la MUNICIPALIDAD DE COLLIPULLI y en contra CONTRALORÍA REGIONAL DE LA ARAUCANÍA.

Redacción a cargo de la ministra A. Cecilia Aravena López.

Regístrese y archívese.

Rol N° Protección-1059-2026 (pvb).